有機肥發酵車間臭氣凈化設備工藝選擇有化學吸收法、吸附法、生物法、UV光氧凈化可供選擇。
有機肥發酵車間臭氣凈化設備—化學吸收法：
主要是采用液相介質凈化氣體處理的工藝，通過液體與氣體的直接接觸，對凈化氣體中的質進行吸收。設備結構簡單，運行能耗，操作方便，維護簡便。是一種被廣泛應用于惡臭控制，非常成熟、穩定，有效的工藝方法。該工藝適合于處理量，中濃度的惡臭氣流，處理效果取決于惡臭氣體在化學溶液中的溶解度和與化學溶液的反應速度。
有機肥發酵車間臭氣凈化設備—吸附法：
該方法是當質通過裝有吸附劑（如活性炭、疏水分子篩等）的吸附塔時，利用該吸附劑對的強吸附力，將質吸附下來，從而達到凈化廢氣的目的。該方法設備簡單，去除效果好，多用于凈化工藝的末級處理。但該方法也存在對濃度廢氣處理效率、占地面積大、氣阻大、吸附劑需經常換或再生等缺點，是吸附劑脫附后的氣體難于收集而又排回中，是一種不的途徑。不易處理廢氣中有粘性、固態顆粒的廢氣，吸附劑會被堵塞。
有機肥發酵車間臭氣凈化設備—生物法：
目前應用較多的生物法主要為生物過濾法。生物過濾法處理過程是由天然濾料來吸附和吸收惡臭氣流中的臭氣，然后由生長在濾料中的細菌和其它微生物來氧化降解。通常情況下，這些天然濾料上本身固有的細菌和其它微生物就足以用來除去臭氣。生物過濾法主要有兩種布置方式，生物過濾池（可在地面以上和以下）和生物過濾塔。生物過濾是使收集到的廢氣在適宜的條件下通過長滿微生物的固體載體(填料)，氣味物質先被填料吸收，然后被填料上的微生物氧化分解，完成廢氣的除臭過程。
固體載體上生長的微生物承擔了物質轉換的任務，因為微生物生長需要足夠的有機養分，所以固體載體具有的有機成分。要使微生物保持的活性，還為之創造一個好的生存條件，如：適宜的濕度、pH值、氧氣含量、溫度和營養成分等。